手描きで線画を描き、スキャーナーで取り込んだ場合、その線画は背景レイヤーとして、用紙（白）に描かれた状態です。
そこで
・線画のみ抽出して透明レイヤー上に載せる方法
・線画色を黒以外の任意の色へ変更する方法
・線画を部分的に色を変更する方法
を動画にてご紹介。
ポイントは
●線画抽出‥編集から「輝度を透明度に変換」
●線画の色を一括変換‥編集から「線の色を描画色に変換」
●線画の色を部分的に色変更‥線画レイヤーの「透明ピクセルをロック」した後、変更したい色で上から塗りこむ。
さて、上記はCLIPSTUDIOでの操作ですが、Photoshopの場合の線画レイヤー化はこちらをご覧ください〜。