手描きで描いた線画をスキャナーから取り込んだ場合、その線画はレイヤーパレット上では「背景」扱いでロックがかかっています。
「背景」をターゲットにしておき、メニューバーの「レイヤー」から「新規」→「背景からレイヤーに」へプルダウンします。
すると背景でもレイヤー扱いになり、操作できるようになります。
そこで、これ。
マジック消しゴムツールです。（ツールボックスの消しゴムツールをプレスすると出てきます。）
透明にしたい部分へマジック消しゴムツールのポインターを持ってきてクリックすれば（オプションバーの「隣接」のチェックを外しておけば、一発で完了しますよ〜）
これで線画のみをレイヤー扱いにできました。
手描き&仕上げデジタル派の方はどうぞお試し下さいね〜